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microRNA-mRNA芯片整合分析

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microRNA-mRNA芯片整合分析

microRNA-mRNA芯片整合分析
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1.分析流程圖

2. 分析方法概要

  ①利用統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)篩選差異表達(dá)microRNA

   ②利用GSEA統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)篩選差異功能集(gene set),利用STRINGS蛋白質(zhì)功能相關(guān)網(wǎng)絡(luò)針對(duì)每個(gè)差異功能集內(nèi)建立基因之間的相互關(guān)系,從而建立差異功能模塊(module)
GSEA的工作原理如圖:


③利用MicroCosm軟件預(yù)測(cè)microRNA的靶標(biāo)基因
   ④利用microRNA-Gene之間靶標(biāo)關(guān)系和表達(dá)量的顯著負(fù)相關(guān)關(guān)系構(gòu)建Module特異的microRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和microRNA與基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

3.分析結(jié)果

①篩選差異基因功能集的結(jié)果如下:

基因功能集名稱基因個(gè)數(shù)FDR顯著性
KEGG_AMINOACYL_TRNA_BIOSYNTHESIS10<=0.001
KEGG_PROSTATE_CANCER9<=0.001
KEGG_ASTHMA5<=0.001
CELL_ACTIVATION6<=0.001

②microRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)結(jié)果

microRNA基因簡(jiǎn)稱
miR-665Gon4l
miR-665Lsg1
miR-665Mast2
miR-665Shisa4
miR-665Tmed3

③Module特異的microRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)樣式如下,其中包括miRNA與Module內(nèi)基因的調(diào)控關(guān)系。


 
 


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