microRNA-mRNA芯片整合分析
1.分析流程圖
2. 分析方法概要
①利用統(tǒng)計檢驗篩選差異表達microRNA
②利用GSEA統(tǒng)計檢驗篩選差異功能集（gene set），利用STRINGS蛋白質功能相關網(wǎng)絡針對每個差異功能集內建立基因之間的相互關系，從而建立差異功能模塊（module）
GSEA的工作原理如圖：
③利用MicroCosm軟件預測microRNA的靶標基因
④利用microRNA-Gene之間靶標關系和表達量的顯著負相關關系構建Module特異的microRNA調控網(wǎng)絡和microRNA與基因的調控網(wǎng)絡
3.分析結果
①篩選差異基因功能集的結果如下：
| 基因功能集名稱 | 基因個數(shù) | FDR顯著性 |
| KEGG_AMINOACYL_TRNA_BIOSYNTHESIS | 10 | <=0.001 |
| KEGG_PROSTATE_CANCER | 9 | <=0.001 |
| KEGG_ASTHMA | 5 | <=0.001 |
| CELL_ACTIVATION | 6 | <=0.001 |
②microRNA靶標預測結果
| microRNA | 基因簡稱 |
| miR-665 | Gon4l |
| miR-665 | Lsg1 |
| miR-665 | Mast2 |
| miR-665 | Shisa4 |
| miR-665 | Tmed3 |
③Module特異的microRNA調控網(wǎng)絡樣式如下，其中包括miRNA與Module內基因的調控關系。
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