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DNA甲基化檢測(cè)

DNA甲基化檢測(cè)

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(1)DNA甲基化測(cè)序RRBS
Reduced Representation Bisulfite Sequencing(RRBS)是一種準(zhǔn)確、高效、經(jīng)濟(jì)的DNA甲基化研究方法,通過(guò)酶切富集啟動(dòng)子及CpG島區(qū)域,并進(jìn)行Bisulfite測(cè)序,同時(shí)實(shí)現(xiàn)DNA甲基化狀態(tài)檢測(cè)的高分辨率和測(cè)序數(shù)據(jù)的高利用率。
研究結(jié)果充分證明了RRBS技術(shù)的可靠性。RRBS可作為一種更高效經(jīng)濟(jì)的研究方法,可應(yīng)用于檢測(cè)全基因組啟動(dòng)子和CpG島區(qū)域DNA甲基化狀態(tài)。
 
(2)Illumina Human 甲基化450K芯片服務(wù)
    每張芯片包含45萬(wàn)個(gè)CpG 位點(diǎn),24846個(gè)基因來(lái)自于CCDS,2000多個(gè) 癌癥相關(guān)基因、 400 個(gè)miRNA 基因啟動(dòng)子區(qū) ,300個(gè)甲基化熱點(diǎn)區(qū)。全面覆蓋基因的啟動(dòng)子區(qū)域、5`UTR、第一個(gè)exon、基因內(nèi)部、3`UTR,全面覆蓋CpG island、CpG shores、CpG shelves;并且覆蓋了科學(xué)家們研究發(fā)現(xiàn)的一些其它重點(diǎn)區(qū)域,如:CpG island以外的CpG位點(diǎn)、在人類(lèi)干細(xì)胞中觀察到的非CpG島甲基化位點(diǎn)、多種腫瘤樣品與正常樣品以及不同組織之間有差異的甲基化位點(diǎn)、miRNA啟動(dòng)子區(qū)域以及GWAS項(xiàng)目發(fā)現(xiàn)的疾病相關(guān)區(qū)域位點(diǎn)、FANTOM 4 啟動(dòng)子等。
實(shí)驗(yàn)流程:
1.基因組DNA;
2.亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化;
3.VCA方式擴(kuò)增、片段化;
4.芯片雜交、洗脫、延伸、成像;
5.數(shù)據(jù)分析.

(3)DNA甲基化免疫沉淀測(cè)序服務(wù)(MeDIP-seq)
   DNA甲基化 免疫共沉淀測(cè)序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP-Seq)先用5'-甲基胞嘧啶抗體富集胞嘧啶甲基化的基因組片斷,然后對(duì)富集的片段進(jìn)行高通量測(cè)序。該方法檢測(cè)范圍覆蓋全基因組,所需測(cè)序數(shù)據(jù)量較少,但不能在單堿基分辨率水平上檢測(cè)DNA胞嘧啶甲基化狀態(tài)。


             研究流程示例(上圖)
               MeDIP-Seq實(shí)驗(yàn)流程(上圖)


                   MeDIP-Seq數(shù)據(jù)分析流程


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