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eccDNAdb:染色體外環(huán)狀DNA數(shù)據(jù)庫(kù)

欄目:最新研究動(dòng)態(tài) 發(fā)布時(shí)間:2023-04-03
通過(guò)整合基因表達(dá)、臨床信息和染色質(zhì)可訪問(wèn)性數(shù)據(jù),eccDNAdb使用戶能夠輕松確定eccDNA在人類癌癥中的生物學(xué)功能和臨床相關(guān)性......


染色體外環(huán)狀DNA(Extrachromosomal circular DNA,eccDNA)是源自但獨(dú)立于染色體DNA的環(huán)狀DNA分子,在癌癥中的普遍存在,并且在癌基因擴(kuò)增和腫瘤進(jìn)展中起關(guān)鍵作用。通過(guò)全基因組測(cè)序(WGS)可以鑒定eccDNA(本公司提供WGS測(cè)序服務(wù))。eccDNAdb使用TCGA和CCLE下載的基因表達(dá)和臨床數(shù)據(jù)研究eccDNA在癌癥中的作用。eccDNAdb目前包括1270個(gè)eccDNA,在分析了包括患者組織、患者來(lái)源的異種移植物和癌細(xì)胞系在內(nèi)的總共3395個(gè)腫瘤樣本(57種癌癥)后,在480個(gè)樣本(42種癌癥)中鑒定了這些eccDNA。共有54901個(gè)eccDNA基因被注釋并包含在數(shù)據(jù)庫(kù)中。通過(guò)整合基因表達(dá)、臨床信息和染色質(zhì)可訪問(wèn)性數(shù)據(jù),eccDNAdb使用戶能夠輕松確定eccDNA在人類癌癥中的生物學(xué)功能和臨床相關(guān)性。http://www.eccdnadb.org/



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