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TISCH:腫瘤微環(huán)境的 scRNA-seq 數(shù)據(jù)庫

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2022-01-17
TISCH收集了人類和小鼠的腫瘤相關(guān) scRNA-seq 研究,除了未經(jīng)治療的患者的數(shù)據(jù)集外,還包括那些接受過治療的患者的數(shù)據(jù)集......

TISCH:腫瘤微環(huán)境的 scRNA-seq 數(shù)據(jù)庫

TISCH收集了人類和小鼠的腫瘤相關(guān) scRNA-seq 研究,除了未經(jīng)治療的患者的數(shù)據(jù)集外,還包括那些接受過治療的患者的數(shù)據(jù)集。該數(shù)據(jù)庫在單細(xì)胞水平上提供詳細(xì)的細(xì)胞類型注釋,從而能夠在不同的癌癥類型中探索腫瘤微環(huán)境。

http://tisch.comp-genomics.org/

                                               


l 
Dataset

該模塊是根據(jù)癌癥類型進(jìn)行搜索。用戶可以選擇感興趣的癌癥類型、免疫細(xì)胞類型,然后選擇是否接受過治療/接收什么類型的治療,選擇轉(zhuǎn)移或原位腫瘤,將在下方顯示符合用戶選擇條件的數(shù)據(jù)集。點擊“Compare”可以進(jìn)行分析:


頁面下方將顯示UMAP圖,在箭頭所指處輸入感興趣的基因后進(jìn)行搜索,將在右側(cè)展示該基因的表達(dá)情況。


l  Gene

在該模塊中,用戶可以輸入感興趣的基因,然后選擇癌癥、細(xì)胞類型。最后根據(jù)用戶的需求選擇數(shù)據(jù)集,點擊“Search”進(jìn)行搜索。


將在頁面下方顯示熱圖,點擊箭頭所示處可以下載圖片;點擊左側(cè)數(shù)據(jù)集名稱將獲得該數(shù)據(jù)集的小提琴圖,以反映所有選定數(shù)據(jù)集中不同細(xì)胞類型的基因表達(dá) (logTPM)。




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