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RPS:涉及液-液相分離的RNA綜合數(shù)據(jù)庫

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2021-12-27
中山大學團隊建立了一個液-液相分離的RNA綜合數(shù)據(jù)庫——RPS(http://rps.renlab.org),該數(shù)據(jù)庫......

-液相分離 (LLPS) 是一種可逆過程,可推動無膜細胞器 (MLO) 的形成,例如核仁、P 體和應力顆粒。在 LLPS 過程中,包括蛋白質(zhì)和 RNA 在內(nèi)的許多生物分子聚集在一起形成生物分子凝聚物,這在許多生物過程的調(diào)節(jié)中起著關鍵作用,例如細胞應激反應、體內(nèi)平衡維持和發(fā)育。同時,越來越多的證據(jù)表明,LLPS 的失調(diào)與多種疾病密切相關,例如肌萎縮側(cè)索硬化(ALS)、額顳葉癡呆(FTD)、阿爾茨海默?。?/span>AD)、癌癥以及傳染病。

近年來,新出現(xiàn)的證據(jù)證明 RNA LLPS 的調(diào)節(jié)中也具有基礎性作用。人們已經(jīng)認識到,RNA 在細胞核中充當緩沖液,在那里高濃度的 RNA 使 RBP 保持可溶。此外,RNA 可以在沒有蛋白質(zhì)的情況下進行相分離并促進或抑制相分離。與蛋白質(zhì)類似,RNA 也可以作為生物分子組裝的種子,例如 lncRNA NEAT1,它通過與其他 RBP 相互作用來構(gòu)建副斑點,從而起到支架的作用。此外,大量研究表明依賴于 RNA 的縮合物受到各種 RNA 特性的嚴格調(diào)控,例如 RNA 序列、結(jié)構(gòu)、RNA 修飾、RNA-RNA 相互作用和 RNA-蛋白質(zhì)相互作用。研究表明相對長的轉(zhuǎn)錄本優(yōu)先參與SGs的形成,SGs有更多的位點與RNA結(jié)合蛋白 (RBPs) / RNAs 可能發(fā)生相互作用。此外,與結(jié)構(gòu)性較差的 RNA 相比,高度結(jié)構(gòu)化的 RNA 可以重新排列蛋白質(zhì)聚集體的組成,以便與蛋白質(zhì)進行更多的相互作用。G-四鏈體 (GQ) 是一種特定的 RNA 三級結(jié)構(gòu)基序,可以在體外生理條件下觸發(fā) RNA 相分離。RNA 修飾等其他特征在相分離中也很重要。例如,N6-甲基腺苷(m 6A) 作為最普遍的 mRNA 修飾,被認為是結(jié)合哺乳動物細胞中 YTHDF 蛋白的多價支架。此外,RNA 表達水平對于凝聚物的形成和維持是必不可少的。最近對凝聚轉(zhuǎn)錄組的研究表明,SGs 的組裝依賴于哺乳動物和酵母細胞中翻譯不佳的 mRNA 的凝聚。值得注意的是,據(jù)報道,突變會影響依賴于 RNA LLPS。例如,C90orf72 基因中引起疾病 G4C2 重復擴增已被證明可在體外和體內(nèi)介導 LLPS??偟膩碚f,RNA 中編碼的這些特征賦予特定的凝聚物生物物理特性,這對于穩(wěn)態(tài)中的凝聚物功能至關重要。

    許多研究已經(jīng)關注了 RNA LLPS 中的作用,但仍然沒有關于 LLPS 相關 RNA 的綜合數(shù)據(jù)資源。中山大學團隊建立了一個液-液相分離的RNA綜合數(shù)據(jù)庫——RPShttp://rps.renlab.org),該數(shù)據(jù)庫相關文章發(fā)表在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.971),題名為:RPS: a comprehensive database of RNAs involved in liquid-liquid phase separation。該數(shù)據(jù)庫包含 20 種不同的真核生物和病毒生物分子凝聚物中的 LLPS 相關RNA。RPS 包含21613LLPS相關RNA,來源于文獻挖掘、基于交互網(wǎng)絡的高通量分析和預測。RPS 提供 LLPS 相關 RNA LLPS 過程的基本信息,以及豐富的 RNA 注釋,包括序列、RNA 二級結(jié)構(gòu)、RNA-RNA/RBP 結(jié)合位點和修飾。





 

 

 

 

 

 


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