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DrLLPS:真核生物液-液相分離的數(shù)據(jù)庫

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2021-12-20
華中科技大學團隊建立了一個真核生物液-液相分離的數(shù)據(jù)庫——DrLLPS(http://llps.biocuckoo.cn/),該文章......

在真核生物中,細胞區(qū)室化是通過形成膜結(jié)合區(qū)室或無膜細胞器 (MLO)在不同化學環(huán)境中動態(tài)和瞬時組織復雜生化反應(yīng)的基本原理。盡管前者已被很好地記錄在案,但在蛋白質(zhì)相分離或液-液相分離 (LLPS) 的機械分析最近取得進展之前,人們對后者知之甚少。LLPS 提供了一種簡單但關(guān)鍵的機制來解釋細胞如何在時空上產(chǎn)生 MLO,通過將蛋白質(zhì)或核酸等生物分子的溶液濃縮成與稀相細胞質(zhì)共存的密相液滴?;瘜W勢驅(qū)動 LLPS,后者反過來形成 MLO。迄今為止,大量的MLOs已經(jīng)發(fā)現(xiàn),包括但不限于應(yīng)力顆粒,加工體(P-體),P顆粒,中心體,主軸裝置和核仁。除了 MLOs,LLPS 還有助于其他亞細胞結(jié)構(gòu)的形成,如異染色質(zhì)、核孔復合物和受體簇,盡管常規(guī)的大分子組裝機制對于核孔的形成也很重要??偟膩碚f,MLOs組裝經(jīng)由LLPS用一個唯一的名稱被稱為,生物分子的縮合物,從而起到在調(diào)節(jié)多種生物過程,如應(yīng)激反應(yīng),RNA新陳代謝,DNA損傷響應(yīng)和信號轉(zhuǎn)導的關(guān)鍵作用。在活細胞中,生物分子凝聚物的成核、形成和生物學特性受到精確調(diào)節(jié),而 LLPS 相關(guān)蛋白的失調(diào)或突變與神經(jīng)變性和癌癥等人類疾病有關(guān)。

華中科技大學團隊建立了一個真核生物液-液相分離的數(shù)據(jù)庫——DrLLPS(http://llps.biocuckoo.cn/),該文章刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.971),題名為:DrLLPS: a data resource of liquid-liquid phase separation in eukaryotes。該數(shù)據(jù)庫收集了9285 個實驗鑒定的 LLPS 相關(guān)蛋白, 包括150 個作為 LLPS 驅(qū)動因素的支架蛋白、987 種有助于調(diào)節(jié) LLPS 的調(diào)節(jié)劑,以及 8148 種可能對 MLO 形成可有可無的潛在目標蛋白,然后將其分類為 40 種生物分子縮合物。LLPS 的數(shù)據(jù)資源(DrLLPS)總共包含 437 887 個已知和潛在的 LLPS 相關(guān)蛋白,包括 164 個真核物種中的 7993 個支架、72 300 個調(diào)節(jié)劑和 357 594 個客戶端。

                                               

 

 

 


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