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piRNAclusterDB 2.0數據庫

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2021-11-11
piRNA簇數據庫2.0版本,包括來自51個物種的350+個SRA數據集,總共包含15000+個piRNA簇。這組物種包含軟體動物......

PIWI 相互作用 RNA (piRNAs) 及其配對的 PIWI 蛋白保護動物種系免受轉座因子的侵害,并在生育中發(fā)揮關鍵作用。過去的大量研究發(fā)現了piRNA通路的許多其他功能,包括基因調控、抗病毒防御和體細胞轉座子抑制。此外,跨系統(tǒng)發(fā)育組的比較分析表明 PIWI/piRNA系統(tǒng)進化迅速,并表現出很大的進化可塑性。

為促進對跨組織和物種的piRNA產生位點的調控和進化的研究,piRNA簇數據庫(https://www.smallrnagroup.uni-mainz.de/piRNAclusterDB)應運而生,其中包含來自12個物種的100+SRA數據集。

近年來,小RNA測序數據量急劇增加,而對piRNA通路和piRNA表達的理解也在不斷增長。根據這一進展,近期發(fā)布了piRNA簇數據庫2.0版本,包括來自51個物種的350+SRA數據集,總共包含15000+piRNA簇。這組物種包含軟體動物、節(jié)肢動物、魚類、兩棲動物、爬行動物、鳥類和哺乳動物。該數據庫相關文章發(fā)表在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.972


   首頁界面如下,首先選擇物種,物種選擇器,以交互式系統(tǒng)發(fā)育樹和表格形式展示有關分類、
piRNA簇數量等信息。選擇物種后,用戶可以在cluster瀏覽器部分沿著所選物種的所有數據集瀏覽產生piRNA的位點。同時可以單獨選擇和取消選擇每個SRA數據集,以生成跨不同數據集、組織或發(fā)育階段的piRNA簇表達的自定義視圖。

數據庫還包含piRNA Biology、piRNA Cluster Prediction、A Short Manual的門戶模塊,介紹piRNA生物功能,篩選。




 


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