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GPSno: 癌癥中 snoRNA 的遺傳和藥物基因組學

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2021-09-16
GPSno (https://hanlab.uth.edu/GPSno/)通過使用來自癌癥基因組圖譜 (TCGA) 的數(shù)千數(shù)據(jù),表征了遺傳變異......


GPSno https://hanlab.uth.edu/GPSno/)通過使用來自癌癥基因組圖譜 (TCGA) 的數(shù)千數(shù)據(jù),表征了遺傳變異對 29 種癌癥類型的 snoRNA 的影響,將相關等位基因與患者存活率以及全基因組關聯(lián)研究風險位點聯(lián)系起來,并表征了 snoRNA 表達對患者藥物反應的影響。

                                               


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Cis-snoQTLs

29 種癌癥類型中以 FDR < 0.05 為篩選標準,鑒定了 69,557 snoQTL-snoRNA 基因對,供用戶搜索或瀏覽:


用戶需要選擇癌癥類型,填寫SNP ID或者snoRNA名稱進行查詢。查詢結果將在頁面下方顯示,結果可以以excel格式進行下載;點擊“Plot”顯示snoRNA表達量結果圖,可以以PDF格式進行下載。




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Trans-snoQTLs

29 種癌癥類型中以 FDR < 0.05為篩選標準, 鑒定了 34,151 snoQTL-snoRNA 基因對,供用戶搜索或瀏覽:


搜索方式與“Cis-snoQTLs”模塊相同,搜索結果也可以進行下載。




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Survival-associated snoQTLs

該模塊確定了 1,840 個與不同癌癥類型患者總生存相關的 snoQTLFDR < 0.2。


該模塊需要選擇癌癥類型、輸入SNP ID進行查詢。




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GWAS-related snoQTLs

該模塊鑒定了 29,795 snoQTL-snoRNA 對,其中 snoQTL GWAS 連鎖不平衡 (LD) 區(qū)域 (r2 ≥ 0.5) 重疊。


選擇癌癥類型、LD指數(shù)(0.5-1.0),輸入SNP ID可進行查詢。

 

l  Drug response

該模塊在18 種癌癥類型中以 FDR < 0.2為篩選標準, 鑒定了 27,877 snoRNA-藥物反應對,供用戶搜索或瀏覽。


用戶可以根據(jù)藥物查詢,也可以根據(jù)SnoRNA進行查詢。




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