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Rank-In:芯片、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)綜合分析平臺(tái)

欄目:最新研究動(dòng)態(tài) 發(fā)布時(shí)間:2021-07-19
本文提出了 Rank-In (http://www.baddcao.net/rank-in/index.html)來糾正兩種技術(shù)之間的非生物效應(yīng),從而能夠自由混合數(shù)據(jù)......


                                               


       盡管轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在過去幾十年中發(fā)展迅速,但由于芯片和 RNA-seq 之間固有的可變性差異,對(duì)混合數(shù)據(jù)的綜合分析仍然具有挑戰(zhàn)性。本文提出了 Rank-In http://www.baddcao.net/rank-in/index.html)來糾正兩種技術(shù)之間的非生物效應(yīng),從而能夠自由混合數(shù)據(jù)以進(jìn)行整合分析。

網(wǎng)站首頁(yè)如下,支持上傳用戶自己的芯片、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。該網(wǎng)頁(yè)最終會(huì)給出調(diào)整后的矩陣、差異基因列表以及聚類結(jié)果圖。


第一步:上傳表達(dá)文件


表達(dá)文件格式如下,需上傳第一行為樣本名、第一列為基因名的表達(dá)矩陣


轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)表達(dá)量可以使用FPKM、TPMTMM;芯片數(shù)據(jù)使用基因表達(dá)強(qiáng)度;如果下載GEO數(shù)據(jù),需要對(duì)探針注釋為基因,然后上傳注釋后的表達(dá)文件。


第二步:上傳分組文件


分組文件第一列文樣本名,第二列為分組?!?span>1
”表示來自正常組織的樣本,“2”表示癌癥亞型1的樣本,“3”表示癌癥亞型2的樣本,依此類推


第三步:上傳附加文件(可以選擇性上傳)


附加文件中可以包括平臺(tái)、批次等信息。 例如,在平臺(tái)列中,“1”表示數(shù)據(jù)來自 Affymetrix U133 plus2 平臺(tái),“2”表示來自安捷倫微陣列芯片的數(shù)據(jù),“3”表示來自 Illumina Hiseq 2000 的數(shù)據(jù)等。


第四步:填寫電子郵箱(選填,建議填寫)



如果填寫郵箱,結(jié)果會(huì)以郵件形式發(fā)送至該郵箱。


第五步:提交


數(shù)據(jù)文件全部上傳后,點(diǎn)擊“Submit”進(jìn)行提交,頁(yè)面會(huì)自動(dòng)跳轉(zhuǎn)至結(jié)果頁(yè)。也可以根據(jù)頁(yè)面給出的job ID查詢結(jié)果。

 


結(jié)果頁(yè)面如下:


總而言之,我們可以使用Rank-In對(duì)癌癥的芯片和 RNA-seq中的混合數(shù)據(jù)進(jìn)行綜合轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。

 


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