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如何使用GEPIA分析基因與癌癥生存率的相關(guān)性

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2021-01-08
GEPIA是目前我國在利用TCGA數(shù)據(jù)做可視化分析上,比較著名的一款在線工具。GEPIA是一個網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器,使用標(biāo)準(zhǔn)處理管道分析來自TCGA和GTEx

GEPIA是目前我國在利用TCGA數(shù)據(jù)做可視化分析上,比較著名的一款在線工具。GEPIA是一個網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器,使用標(biāo)準(zhǔn)處理管道分析來自TCGA和GTEx項(xiàng)目的9,736個腫瘤和8,587個正常樣品的RNA測序表達(dá)數(shù)據(jù)。因其簡潔有效具有良好的操作性,不少生信分析科研文章的文章里figure都來自GEPIA。

現(xiàn)在我們以“LAYN基因與乳腺癌生存率的相關(guān)性分析”為例,來演示Prognoscan的使用方法:


1.
首先打開GEPIA地址(http://gepia.cancer-pku.cn/),選擇“Multiple Gene Analysis”→“Correlation Analysis”



2.
填寫X軸和Y軸基因(這里我們都寫成LAYN基因,作為演示)→“Correlation Coefficient”選擇“Spearman”→把TCGA的Tumor和Normal中的癌癥類型依次add到右邊的“Used Expression Datasets”中



3.
點(diǎn)擊“Plot”成圖


今天的分享就到這里啦,希望能幫到苦心科研的你,我們下次再見!


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