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25分高分文章做了些什么---全基因組測(cè)序(WGS)

欄目:最新研究動(dòng)態(tài) 發(fā)布時(shí)間:2019-12-04
鼻咽癌(NPC)是一種具有獨(dú)特地理分布的惡性腫瘤,在全球大多數(shù)地方很少見(jiàn),發(fā)病率可達(dá)20-40人/10萬(wàn)人/4年......

   鼻咽癌(NPC)是一種具有獨(dú)特地理分布的惡性腫瘤,在全球大多數(shù)地方很少見(jiàn),但在我國(guó)南方地區(qū)是一種非常常見(jiàn)的癌癥,發(fā)病率可達(dá)20-40/10萬(wàn)人/4年。
   愛(ài)潑斯坦-巴爾病毒(EBV)是一種與NPC、胃癌、淋巴瘤有關(guān)的人類病毒,對(duì)自發(fā)性淋巴母細(xì)胞系和EBV相關(guān)疾病的EBV基因組測(cè)序表明,不同地理起源的EBV分離株之間存在重要的基因組變異。因此,研究者希望通過(guò)EBV全基因組測(cè)序(WGS)尋找我國(guó)南方NPC高風(fēng)險(xiǎn)的EBV亞型,為確定NPC高危人群提供依據(jù)。

一、EBV全基因組測(cè)序+ Fine-mapping確定與NPC相關(guān)的EBV突變
研究者對(duì)270EBV分離株進(jìn)行全基因組測(cè)序,這些分離株包括自EBV相關(guān)癌癥(NPC、胃癌、淋巴瘤)的分離株和來(lái)自我國(guó)NPC流行地區(qū)(廣東省、廣西?。┑慕】祵?duì)照和非流行地區(qū)的健康對(duì)照。

從主成分分析看,EBVPCA1的分布是連續(xù)的(從非洲、歐洲到亞洲),在PCA2的分布部分分離(亞洲NPC流行區(qū)、NPC非流行區(qū))。從基因型看,BALF2的突變SNP162215、SNP162476SNP163364為高風(fēng)險(xiǎn)基因型。

二、探索三種
SNPNPC的關(guān)系

對(duì)156SNP47例對(duì)照進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,發(fā)現(xiàn)SNPs 162507C>T, 162852G>T and 162215C>A NPC患者全基因組中呈顯著差異。

進(jìn)一步驗(yàn)證三個(gè)SNPNPC的相關(guān)性,發(fā)現(xiàn)與162476T> C163364C> T相比,SNP 162215_C不太可能成為NPC的風(fēng)險(xiǎn)變異體。
總結(jié):
這一研究不僅發(fā)現(xiàn)了我國(guó)南方
NPC高風(fēng)險(xiǎn)EBV亞型,還提供了一個(gè)新的研究方向:EBV亞型和SNP是如何促進(jìn)NPC腫瘤發(fā)生的。

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