(Validating Alzheimer’s disease micro RNAs using next-generation sequencing.Alzheimer's & Dementia. 2016. IF=11.619 )
阿爾茨海默病(AD)是世界保健系統(tǒng)的一大挑戰(zhàn),生物標(biāo)記物能夠為AD的早期診斷提供依據(jù), 提高病人的護理質(zhì)量。研究者之前已報道過54 個AD案例和22個健康者的 miRNA測序,為對新型 AD生物標(biāo)記物進一步驗證, 研究者又利用Illumina HiSeq2000測序平臺對49 個AD患者 和55 個健康者,以及20個輕度認知障礙病人和90個多發(fā)性硬化癥病人的血液利用多重測序進行small RNA測序,每個通道測序6個樣本。
研究者先將AD和對照群體的miRNA進行比較, 獲得差異miRNA,并將研究重點放在當(dāng)初已發(fā)表的12個miRNA標(biāo)記物上;其次研究差異miRNA與臨床信息如治療的相關(guān)性;然后分析miRNA靶點獲得AD miRNA的核心調(diào)控網(wǎng)絡(luò);最后還比較AD病人與輕度認知障礙病人和多發(fā)性硬化癥病人的差異。
測序結(jié)果每一個體獲得大約14 M reads數(shù), 290個個體總共3.85 billion reads。 將AD患者與健康者比較,聯(lián)合之前的研究一共發(fā)現(xiàn)580個差異miRNA,其中本次研究獲得146個,有68個與之前的重疊。該研究驗證miRNA可作為AD生物標(biāo)志物, 將有助于阿爾茨海默病的及早診斷和病人護理的改善。下一步的研究可用RT-PCR等技術(shù)對這些生物標(biāo)志物進行大量臨床樣本的篩選和驗證。
圖1. 兩次研究中都呈差異表達的68 個miRNA分級聚類熱圖。
紅色個體代表AD患者,綠色代表健康者。
圖2. 核心調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。中間的14個基因,每一個至少是五個miRNA的靶標(biāo)。