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27分文章揭示lncRNA直接結(jié)合mRNA

欄目:最新研究動(dòng)態(tài) 發(fā)布時(shí)間:2018-06-13
近年來(lái),長(zhǎng)鏈非編碼RNA((long noncoding RNA, lncRNA))的研究熱度持續(xù)升溫,高分文章頻出.....

      近年來(lái),長(zhǎng)鏈非編碼RNA((long noncoding RNA, lncRNA))的研究熱度持續(xù)升溫,高分文章頻出。目前,lncRNA的研究機(jī)制比較常見(jiàn)的是通過(guò)ceRNA機(jī)制或結(jié)合蛋白調(diào)控mRNA,而LncRNA直接結(jié)合mRNA的研究報(bào)道相對(duì)較少。下面要講的文獻(xiàn)(Analysis of the androgen receptor–regulatedlncRNA landscape identifies a role for ARLNC1in prostate cancer progression),研究?jī)?nèi)容只來(lái)回圍繞一個(gè)mRNA和一個(gè)LncRNA之間的相互調(diào)控就發(fā)27分雜志。

首先看下機(jī)制圖:

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   是否驚訝27分的文獻(xiàn)機(jī)制竟如此簡(jiǎn)單?一般的高分文章都會(huì)很復(fù)雜且涉及n多個(gè)分子!這篇文章揭示AR蛋白作用于LncRNA ARLNC1的啟動(dòng)子區(qū),促進(jìn)ARLNC1的轉(zhuǎn)錄,而ARLNC1又于AR mRNA直接結(jié)合促進(jìn)穩(wěn)定和翻譯,從而形成一個(gè)正反饋回路。

研究路線(xiàn):

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1.篩選前列腺癌中受AR調(diào)控的基因

   雄激素受體(AR)在前列腺癌中起重要作用,因此作者研究AR調(diào)控的基因。通過(guò)RNA seq檢測(cè)DHT處理和未處理的前列腺癌細(xì)胞(n=3),篩選受AR調(diào)控的的mRNA和lncRNA (A). 并通過(guò)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)篩選與前列腺癌相關(guān)的mRNA和lncRNA(B),最后發(fā)現(xiàn)幾個(gè)被AR正調(diào)控且在前列腺癌中上調(diào)mRNA 和lncRNA (C)

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2.ARLNC1 為前列腺譜系特異性lncRNA,且在癌癥中高表達(dá)

   通過(guò)整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)ARLNC1差異受AR調(diào)控最明顯,且在前列腺癌中特異表達(dá),因此選為目標(biāo)基因,進(jìn)行下一步研究。

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3.ARLNC1調(diào)控AR信號(hào)通路

   確定目標(biāo)后就是研究ARLNC1的下游通路,通過(guò)siRNA干擾ARLNC1進(jìn)行表達(dá)普芯片檢測(cè),功能富集后發(fā)現(xiàn)下游基因與AR相關(guān),這就可能ARLNC1又反饋調(diào)控AR。

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4.ARLNC1和AR轉(zhuǎn)錄本共定位

   接下來(lái)作者直接研究ARLNC1是否直接結(jié)合AR mRNA。首先預(yù)測(cè)兩個(gè)RNA之間是否又結(jié)合位點(diǎn),通過(guò)熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)驗(yàn)證兩者結(jié)合,通過(guò)FISH在細(xì)胞核組織中驗(yàn)證兩個(gè)RNA轉(zhuǎn)錄本共定位。

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1.ARLNC1作為AR陽(yáng)性前列腺癌模的治療靶點(diǎn)

   最后就是將通路回到體內(nèi)驗(yàn)證

 

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